Die Installation von PEGASOS wird durch Mitarbeiter der Marabu EDV GmbH vorgenommen, die bei Bedarf auch die Datenübernahme aus Altsystemen durchführen. Nachdem die Benutzer in einer Testphase die Funktionalität des Systems bestätigt haben, wird der Echtbetrieb aufgenommen, der durch den Kundendienst weiterhin betreut wird. Dieser steht bei Fragen oder Problemen telefonisch oder per E-Mail zur Verfügung und kann, wenn gewünscht, auch per Fernleitung direkt auf dem System des Kunden Hilfestellung leisten.